Avtor/Urednik     Boben, Jana; Peterka, Matjaž; Kramberger, Petra; Cankar, Katarina; Petrovič, Nataša; Štrancar, Aleš; Ravnikar, Maja
Naslov     Določanje ToMV virusa v vodah s PCR v realnem času
Prevedeni naslov     Detection of ToMV virus in water using real-time PCR
Tip     članek
Vir     In: Maček J, editor. Zbornik predavanj in referatov 7. slovensko posvetovanje o varstvu rastlin; 2005 mar 8-10; Zreče. Ljubljana: Društvo za varstvo rastlin Slovenije,
Leto izdaje     2005
Obseg     str. 244-7
Jezik     slo
Abstrakt     Irrigation waters can represent a source of infection for plants as plant viruses can enter the plants through the root system and cause disease symptoms on host plants. Viruses can also be released from infected plants into a drainage water and can spread to the neighbouring plants. Concentration of plant viruses in irrigation waters is usually below the sensitivity of frequently used detection methods such as ELISA. ToMV (Tomato mosaic virus) was used as a model for development of a highly specific and more sensitive real-time PCR assay. ToMV is known to cause symptoms on Nicotiana glutinosa in concentrations below the sensitivity of ELISA. Newly developed method is around 1000-times more sensitive and enables us to detect the viruses in much lower concentrations. CIM® Convective Interaction Media disk monolithic columns were also used in order to concentrate water samples where the virus concentration was below the detection limit of real-time PCR. They proved to be successful in concentrating the water samples where virus concentration was below the detection limit of real-time PCR. Combination of concentrating procedure using CIM monolithic chromatographic supports and detection of viruses using a more sensitive method can be used to effectively monitor the condition of irrigation waters and to use the information about the health status of waters in intensive plant production.
Izvleček     Namakalne vode, ki vsebujejo patogene rastlinske viruse, lahko predstavljajo pomemben vir okužbe za kmetijske rastline, saj le-ti z vstopanjem prek koreninskega sistema lahko povzročijo pojav bolezenskih znamenj na gostiteljskih rastlinah. Prenos lahko poteka tudi v nasprotni smeri, kjer virusi prehajajo iz okuženih rastlin v namakalno vodo in tako širijo okužbo na sosednje rastline. V primerih intenzivne pridelave je zato priporočljivo testiranje namakalne vode na patogene rastlinske viruse. Ti so ponavadi v vodi v nizkih koncentracijah in jih z navadnimi diagnostičnimi metodami, kot je ELISA test, ne moremo določiti. Na modelnem virusu mozaika paradižnika smo razvili občutljivejšo in visoko specifično metodo PCR v realnem času. Za ta virus je znano, da povzroča okužbo testnih rastlin Nicotiana glutinosa prek namakalne vode tudi v koncentracijah pod mejo detekcije za ELISA test. Novo razvita metoda omogoča natančnejše določanje mnogo nižjih koncentracij ToMV v namakalni vodi, saj je za okoli 1000-krat bolj občutljiva. Obenem smo uvedli tudi postopek koncentriranja vodnih vzorcev s CIM monolitnimi kromatografskimi nosilci. Z njihovo uporabo smo uspeli določiti ToMV tudi v vodah, ki so bile po predhodnih testih negativne, oziroma so se virusni delci nahajali v vodi v koncentracijah tudi pod mejo občutljivejše molekularno-biološke metode. Kombinacija postopka koncentriranja namakalne vode in analize z občutljivejšo metodo omogoča dokaj zanesljivo spremljanje stanja v okolju in zagotavljanja kvalitete namakalnih voda, predvsem v intenzivni pridelavi rastlin. Ključne besede: laboratorijsko določanje, PCR v realnem času, ToMV virus, voda
Deskriptorji     WATER MICROBIOLOGY
PLANT VIRUSES
AGRICULTURE
POLYMERASE CHAIN REACTION
ENZYME-LINKED IMMUNOSORBENT ASSAY