Avtor/Urednik		Mueller-Premru, Manica; Špik, Vesna
Naslov		Pomen tipizacijskih postopkov v bakteriologiji za odkrivanje novih epidemičnih sevov
Prevedeni naslov		The importance of typing methods in bacteriology for the detection of new epidemic strains
Tip		članek
Vir		Med Razgl
Vol. in št.		Letnik 45, št. Suppl 2
Leto izdaje		2006
Obseg		str. 63-8
Jezik		slo
Abstrakt		Typing involves the differentiation of microorganisms within a species to individual strains according to their phenotypic and genotypic differences. Together with epidemiologic and clinical data, bacterial typing is useful for the study of epidemics caused by new epidemic strains outside hospitals (e. g. community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori) and inside hospitals (including those with resistant bacteria). Phenotypic and genotypic methods can be used. Phenotypic methods include biotyping, antibiotic susceptibility testing, serotyping and phage typing, while genotypic methods are employed to analyze the bacterial genome (plasmids, chromosomal DNA). The most useful ones among the latter are macrorestriction analysis of chromosomal DNA by pulsed-field gel electrophoresis and typing methods based on polymerase chain reaction. In some bacteria, sequencing of variable regions of a single gene (e. g. S. aureus spa typing) is also undergoing evaluation. Recently, multilocus sequence typing in which genes are sequenced is becoming more accessible. For very virulent bacteria, typing can be accompanied by toxin or toxin gene detection (e. g. luhS-luhF genes for Panton-Valentine leukocidin). The suitability of typing methods for typing of certain bacterial species is empirically established. The results of typing help us study the sources and spreading of certain clones locally, within the country and in a broader region, i. e. in the study of strain relatedness and in planning infection prevention.
Izvleček		S tipizacijo razlikujemo mikroorganizme znotraj vrste na seve ali tipe, glede na fenotipske in genotipske razlike med njimi. Tipizacija je skupaj z epidemiološkimi in kliničnimi podatki potrebna za razjasnjevanje epidemij z novimi epidemičnimi sevi zunaj bolnišnice (npr. proti meticilinu odporen Staphylococcus aureus domačega okolja, Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, Salmonella spp., Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori) in bolnišničnih okužb (tudi tistih, ki jih povzročajo proti antibiotikom odporne bakterije). Tipizacijske metode delimo na fenotipske in genotipske. Fenotipske metode so biotipizacija, antibiogram, serotipizacija in fagotipizacija. Z genotipskimi metodami analiziramo genom bakterij (plazmide, kromosomsko DNK). Najbolj sta se uveljavili makrorestrikcijska analiza kromosomske DNK s pulzno elektroforezo in tipizacijske metode na osnovi verižne reakcije s polimerazo, ki jih lahko dopolnimo z določanjem zaporedja. Pri nekaterih bakterijah lahko določamo zaporedje raznolikih regij posameznega gena (npr. tipizacija spa pri S. aureus). V zadnjem času se uveljavlja večgenska sekvenčna tipizacija, kjer določamo zaporedje delov izbranih genov. Če sumimo na zelo virulentne bakterije, lahko tipizacijo dopolnimo še z določitvijo toksinov oz. genov za toksine, prav tako z verižno reakcijo s polimerazo (npr. določitev genov luhS-lukF za levkocidin Panton-Valentine pri proti meticilinu odpornem S. aureus domačega okolja). Primernost posameznih metod za tipizacijo različnih bakterijskih vrst se določi izkustveno. Rezultati tipizacije nam pomagajo pri preučevanju izvora in širjenja določenih klonov lokalno, v državi in širše, pri preučevanju sorodnosti sevov znotraj vrste in pri načrtovanju in izvedbi ukrepov za preprečevanje okužb.
Deskriptorji		DISEASE OUTBREAKS BACTERIAL INFECTIONS BACTERIAL TYPING TECHNIQUES PHENOTYPE GENOTYPE POLYMERASE CHAIN REACTION