Avtor/Urednik		Mramor, Minca; Toplak, Marko; Curk, Tomaž; Zupan, Blaž
Naslov		Uporaba skupin genov pri analizi podatkov o izraženosti genov pri raku
Prevedeni naslov		Utility of gene-sets in the analysis of cancer gene expression data
Tip		članek
Vir		Inform Med Slov
Vol. in št.		Letnik 13, št. 2
Leto izdaje		2008
Obseg		str. 1-10
Jezik		slo
Abstrakt		The overlap between the results of different research groups studying the same cancer types is significantly improved if, instead of looking at individual genes, sets of genes with the same biological or molecular function are considered. In the paper, we present a short overview of the gene set analysis methods. We describe an extension to the GSEA method that is able to score gene sets in individual samples. We show that the classification performance of support vector machines is similar on the transformed and original data, but the models are ‐ due to the use of domain knowledge ‐ easier to interpret.
Izvleček		Uporaba skupin genov je močno izboljšala ujemanje med rezultati analize podatkov o izraženosti genov različnih raziskovalnih skupin in izboljšala napovedne točnosti modelov. V prispevku podamo kratek pregled metod za analizo podatkov o izraženosti genov na nivoju skupin genov in opišemo najpomembnejše baze znanj s podatki o izraženosti genov in o skupinah genov. Predstavimo nadgradnjo metode GSEA, ki omogoča izračun obogatenosti skupin genov v posameznem vzorcu, in je primerna za razvrščanje vzorcev na podlagi izraženosti skupin genov. Napovedna točnost metode podpornih vektorjev na tako pretvorjenih podatkih se ne spremeni, rezultate pa je moč lažje interpretirati zaradi uporabljenega predznanja o skupinah genov.