| Author/Editor | Berginc, Gašper; Glavač, Damjan; Ravnik-Glavač, Metka | |
| Title | Denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) in detection of microsatellite instability | |
| Translated title | Določanje mikrosatelitne nestabilnosti z denaturacijsko visoko ločljivostno tekočinsko kromatografijo (DHPLC) | |
| Type | članek | |
| Source | Zdrav Vestn | |
| Vol. and No. | Letnik 76, št. Suppl 2 | |
| Publication year | 2007 | |
| Volume | str. II-49-52 | |
| Language | eng | |
| Abstract | Background Microsatellite instability (MSI) is a phenomenon characterized by small deletions or insertions within short tandem repeats in tumour DNA compared to matching normal DNA. MSI analysis is becoming more and more important for detection of hereditary non polyposis colorectal cancer as well as for sporadic primary colorectal tumours with MSI high phenotype. Use of five quasimonomorphic mononucleotide markers eliminates ultimate need for analysis of germline DNA corresponding to tumour DNA. Here we discuss our method for MSI analysis using denaturating high performance liquid chromatography (DHPLC) in combination with quasimonomorphic mononucleotide microsatellite markers in comparison with previously used methods. The method is high-throughput, accurate, quick and cost-effective and suitable for large-scale studies as well as for daily use with smaller numbers of samples. | |
| Summary | Izhodišča Mikrosatelitno nestabilnost opredeljujejo manjše delecije in vstavitve na področjih tandemskih ponovitev tumorske DNA v primerjavi z DNA normalnega tkiva. Analiza mikrosatelitne nestabilnosti postaja vse bolj pomembno orodje pri odkrivanju dednega nepolipoznega kolorektalnega raka kot tudi sporadičnih primarnih kolorektalnih tumorjev z visoko mikrosatelitno nestabilnim (MSI-H) fenotipom. Uporaba 5 skoraj monomorfnih mononukleotidnih mikrosatelitnih označevalcev odpravlja potrebo po analizi zarodne DNA v primerjavi s tumorsko DNA. Opisana je metoda za analizo mikrosatelitne nestabilnosti z uporabo denaturacijske visoko ločljivostne tekočinske kromatografije (DHPLC) v kombinaciji s skoraj monomorfnimi mononukleotidnimi mikrosatelitnimi označevalci in primerjava s predhodno uporabljanimi metodami. Metoda je visoko zmogljiva, zanesljiva, hitra in cenovno ugodna. Primerna je tako za študije na večjem številu vzorcev, kot tudi za dnevno uporabo z manjšim številom vzorcev. | |
| Descriptors | MICROSATELLITE REPEATS CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID POLYMERASE CHAIN REACTION COLORECTAL NEOPLASMS |