Author/Editor		Berlec, Aleš; Štrukelj, Borut
Title		Nova generacija tehnik določanje nukleotidnega zaporedja: korak k osebni medicini
Translated title		Next generation of nucleotide sequencing techniques: a step toward personalized medicine
Type		članek
Vol. and No.		Letnik 61, št. 4
Publication year		2010
Volume		str. 203-208
ISSN		0014-8229 - Farmacevtski vestnik
Language		slv
Abstract		Določitev nukleotidnega zaporedja posameznikovega genoma bi lahko bistveno prispevala k splošni uveljavitvi osebne medicine. Pri tem predstavlja največjo oviro visoka cena določitve, ki pa se je v zadnjih letih močno znižala na račun nove generacije tehnik določanja nukleotidnega zaporedja. Nove tehnike omogočajo visoko paralelnost določanja zaporedja, kar naredi proces hitrejši in cenejši. Paralelnost se na splošno zagotavlja s cikličnim mrežnim sekvenciranjem, pri katerem so posamezni fragmenti DNA pritrjeni na površino ali mrežo. Fragmenti DNA se lokalno namnožijo z uporabo emulzijske ali premostitvene verižne reakcije s polimerazo (PCR). Za določanje zaporedja se uporabljajo fluorescentno označeni nukleotidi, ki so dodatno kemijsko modificirani tako, da omogočajo reverzibilno zaustavitev pomnoževanja DNA verige in s tem kontinuirano, ciklično določanje zaporedja. Hitro se razvijajo tudi tehnike, ki omogočajo določanje zaporedja v realnem oeasu in pri katerih ni potrebna predhodna namnožitev DNA fragmentov. Tehnike nove generacije omejujejo krajša dolžina določenih zaporedij in večeja pogostost napak, kar pa se uoeinkovito nadomešča z ogromno količino hkratnih odčitkov. Razvoj tehnik določanja zaporedja je hitrejši od razvoja različnih možnosti uporabe, zato se bo njihova vrednost pokazala šele v prihodnosti.Determination of the nucleotide sequence of individualćs genome could contribute to the establishment of personalized medicine. High price of the nucleotide sequencing represented the biggest hurdle in the past; however the next generation sequencing techniques have caused the prices to drop. New techniques enable high-throughput parallel sequencing, which makes the processfaster and cheaper. Parallelism is generally accomplished by cyclic array sequencing, where the DNA fragments are attached to the surface or array. DNA fragments are locally multiplied by the use of emulsion or bridge PCR. Fluorescently labelled nucleotides, which are additionally chemically modified in a way, which enables reversible termination of DNA polymerisation,are used. Other techniques are being developed, which enable real-time sequencing and do not require local amplification of DNA fragments. Next generation techniques are limited by shorter read length and higher errorfrequency. This is however compensated by a vast number of parallel reads. The development of sequencing techniques has outpaced the development of their potential applications. Their true value will therefore be seen in the future.
Keywords		določanje nukleotidnega zaporedja nove generacije emulzijski PCR premostitveni PCR določanje nukleotidnega zaporedja v realnem času